Chiều tối ngày 20/08/2012, ông Kiên bị bắt giữ[12] để làm rõ hành vi "cố ý làm trái" liên quan đến các hoạt động kinh tế, cụ thể là ông Kiên có liên quan tới sai phạm của 3 công ty con do ông làm Chủ tịch Hội đồng quản trị (3 công ty gồm công ty đầu tư thương mại B&B, công ty cổ phần đầu tư ACB Hà Nội và công TNHH đầu tư tài chính Á Châu Hà Nội). Điều này dẫn đến cổ phiếu nhiều ngân hàng lao dốc, trong đó có ACB, Eximbank, Sacombank...

4 tội danh chính

Nguyễn Đức Kiên bị Viện KSND tối cao truy tố 4 tội danh: Kinh doanh trái phép; cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng; lừa đảo chiếm đoạt tài sản và trốn thuế.

• Kinh doanh trái phép

Kiên đã vay số tiền hơn 2.400 tỷ đồng của Ngân hàng ACB; sau đó sử dụng tiền vay mua cổ phần, cổ phiếu của một số ngân hàng, rồi dùng số cổ phần, cổ phiếu đó để thế chấp lại các khoản vay ban đầu tại Ngân hàng ACB, tạo ra vốn ảo, gây ảnh hưởng xấu đến chính sách tài chính, tiền tệ của Nhà nước.

• Cho mượn tiền trái luật

Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an xác định từ tháng 5.2010 đến tháng 11.2011, Nguyễn Đức Kiên (bầu Kiên, nguyên phó chủ tịch hội đồng sáng lập ACB) đã chỉ đạo thường trực HĐQT của ACB ra chủ trương để ACB ủy thác cho nhân viên gửi tiền vào các tổ chức tín dụng sai quy định.Cụ thể, từ cuối tháng 6 đến cuối tháng 9.2011, ACB đã ủy thác cho 19 nhân viên gửi tổng cộng gần 719 tỷ đồng vào Vietinbank chi nhánh Nhà Bè và Vietinbank chi nhánh Thành phố Hồ Chí Minh lãi suất trong hợp đồng 14%/năm, lãi suất chênh lệch ngoài hợp đồng từ 3,7-13%/năm. Cơ quan điều tra xác định hành vi này đã vi phạm điều 106 Luật các tổ chức tín dụng và thông tư 02 của Ngân hàng Nhà nước quy định về trần lãi suất. Toàn bộ số tiền gửi này đã bị Huỳnh Thị Huyền Như chiếm đoạt.[13]

• Lừa đảo chiếm đoạt tài sản

Kiên đã sử dụng pháp nhân Công ty cổ phần Đầu tư ACB Hà Nội vay của Ngân hàng ACB 307 tỷ đồng thông qua phát hành trái phiếu để mua gần 30 triệu cổ phiếu của Công ty cổ phần Thép Hòa Phát, sau đó lại dùng hơn 22 triệu cổ phiếu của Công ty này thế chấp cho Ngân hàng ACB để đảm bảo cho việc phát hành trái phiếu.
Ngày 15/5/2012, Kiên lại chỉ đạo nhân viên dưới quyền lập biên bản họp Hội đồng quản trị để quyết định chuyển nhượng 20 triệu cổ phần của Công ty cổ phần Thép Hòa Phát, trị giá 264 tỷ đồng để bán cho Công ty TNHH một thành viên thép Hòa Phát. Điều đáng lưu ý là 20 triệu cổ phần này nằm trong số hơn 22 triệu cổ phần đã được thế chấp cho Ngân hàng ACB để đảm bảo việc phát hành trái phiếu. Như vậy, Nguyễn Đức Kiên cùng 2 đồng phạm là Trần Ngọc Thanh và Nguyễn Thị Hải Yến có hành vi "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", mang tài sản đã thế chấp đem bán nhằm chiếm đoạt 264 tỷ đồng.

• Trốn thuế

Tuy Công ty CP đầu tư thương mại B&B không được phép kinh doanh vàng tại nước ngoài, Kiên đã chỉ đạo ký các hợp đồng ủy thác, đầu tư tài chính có nội dung kinh doanh vàng ngoài lãnh thổ với ngân hàng ACB và bà Nguyễn Thúy Hương (em ruột Nguyễn Đức Kiên). Tiền lợi nhuận trong thời gian từ (12/2008 - 6/2009) là 68,8 tỷ đồng. Khi quyết toán thuế năm 2009, B&B chỉ kê khai khoản thu nhập 1% (hơn 688 triệu đồng) được chia chứ không có khoản hơn 68 tỷ đồng đã chi trả cho bà Hương. Hợp đồng ủy thác của bà Nguyễn Thúy Hương và B&B là không hợp pháp vì công ty này không được Ngân hàng Nhà nước cấp phép kinh doanh vàng trên tài khoản ở nước ngoài. Bằng cách chuyển lợi nhuận từ doanh nghiệp sang cho cá nhân, Nguyễn Đức Kiên đã không phải trả số tiền 25 tỷ thuế.